目前，质量高的数码显微镜同时具有一般光学显微镜和数码相机的功能，使得在显微镜视界中的图像以更高明晰的方式呈现在显示屏上。作为一种较为精密的光学仪器，人们在使用过程中应该严谨依照操作规范进行，以期较好发挥数码显微镜功能，接下来将在下文中展开介绍。

1.注意清洁

数码显微镜是光学精密仪器，在使用时要特别当心，使用前要熟悉数码显微镜的结构和功能，查看各总零件是否完好无缺，镜身有无尘埃，镜头是否清洁，做好必要的清洁和调整作业。使用前应将镜身擦洗一遍，用擦镜纸将镜头擦净（切不可用手指擦抹）。若遇到镜台或镜头上有干香柏油，可用擦镜纸沾取少数二甲苯将其擦去。

2.正确调整光源

数码显微镜对光时应避免直射光源，因直射光源影响物像的明晰，损坏光源设备和镜头。人们可通过扩展或缩小数码显微镜光圈、升降聚光器，以及旋转反光镜调整光线。一般原则为：凡查看染色标本时，光线应强；查看未染色标本时，光线不宜太强。低倍镜观察光线宜弱，高倍镜观察光强宜强。

3.依照正确程序

数码显微镜的使用时有一定的程序可遵从，查看的标本须先用低倍镜观察，由于低倍镜视界较大，易发现目标和确定查看的方位。同时，人们应该先慢慢旋转粗调理轮，当在视界内出现物象后，改用细调理轮，上下轻轻滚动，直至视界内取得明晰的物象。仔细调整，确定并将需进一步要调查的部位移至视界中心，然后用高倍镜调查。

归纳而言，使用者要想较好发挥数码显微镜功能，就需要注意清洁，正确调理光源，依照正确程序。此外，深受欢迎的数码显微镜厂家提醒用户，不能直接滚动物镜镜头，而是应该滚动物镜转换器，得到想要倍数的物镜，以便不影响影响光轴的同轴和齐焦。